如何修复符号查找错误：群集环境中未定义的符号错误

我正在编写一些python代码，使用GDAL从ECW文件中提取一些图像数据(http://www.gdal.org/)以及它的python绑定。GDAL是从源代码构建的，以获得ECW支持

该程序在我使用ssh连接到的集群服务器上运行。我已经通过ssh终端对程序进行了测试，运行良好。但是，我现在想使用qsub向集群提交作业，但它报告以下内容：

回溯（最近一次呼叫最后一次）：
文件“/gdal test.py”，第5行，在&lt；模块&gt；
从osgeo导入gdal
文件“/home/h3/ctarget/.local/lib/python2.6/site packages/GDAL-1.11.1-py2.6-linux-x86_64.egg/osgeo/___init___.py”，第21行，in&lt；模块&gt；
_gdal=swig\u import\u helper（）
swig_import_helper中的第17行文件“/home/h3/ctarget/.local/lib/python2.6/site packages/GDAL-1.11.1-py2.6-linux-x86_64.egg/osgeo/__init__uuuuuu.py”
_mod=imp.load_模块（“gdal”，fp，路径名，描述）
导入错误：/mnt/aeropix/prgs/.local/lib/libgdal.so.1:未定义的符号：H5Eset\u auto2

我做了更多的挖掘，并尝试使用LD_DEBUG=symbols来尝试找出差异所在，但这是我所掌握的知识/理解的范围

以下是使用LD_DEBUG=symbols并在ssh终端中运行代码（通过管道grep H5Eset_auto2减少一些输出）时发生的情况，以供参考：

ssh终端中运行的代码的符号调试输出：

11359:symbol=H5Eset\u auto2；在文件中查找=/usr/bin/python26[0]
11359:symbol=H5Eset_auto2；查找文件=/usr/lib64/libpython2.6.so.1.0[0]
11359:symbol=H5Eset_auto2；查找文件=/lib64/libpthread.so.0[0]
11359:symbol=H5Eset_auto2；查找文件=/lib64/libdl.so.2[0]
11359:symbol=H5Eset_auto2；查找文件=/lib64/libutil.so.1[0]
11359:symbol=H5Eset_auto2；查找文件=/lib64/libm.so.6[0]
11359:symbol=H5Eset_auto2；查找文件=/lib64/libc.so.6[0]
11359:symbol=H5Eset_auto2；查找文件=/lib64/ld-linux-x86-64.so.2[0]
11359:symbol=H5Eset_auto2；查找文件=/home/h3/ctarget/.local/lib/python2.6/site-packages/GDAL-1.11.1-py2.6-linux-x86_64.egg/osgeo//u GDAL.so[0]
11359:symbol=H5Eset_auto2；查找文件=/usr/lib64/libpython2.6.so.1.0[0]
11359:symbol=H5Eset_auto2；查找文件=/mnt/aeropix/prgs/.local/lib/libgdal.so.1[0]
11359:symbol=H5Eset_auto2；查找文件=/usr/lib64/libstdc++.so.6[0]
11359:symbol=H5Eset_auto2；查找文件=/lib64/libm.so.6[0]
11359:symbol=H5Eset_auto2；查找文件=/lib64/libgcc_.so.1[0]
11359:symbol=H5Eset_auto2；查找文件=/lib64/libpthread.so.0[0]
11359:symbol=H5Eset_auto2；查找文件=/lib64/libc.so.6[0]
11359:symbol=H5Eset_auto2；查找文件=/lib64/libdl.so.2[0]
11359:symbol=H5Eset_auto2；查找文件=/lib64/libutil.so.1[0]
11359:symbol=H5Eset_auto2；查找文件=/mnt/aeropix/prgs/.local/lib/libhdf5.so.7[0]
11359:symbol=H5Eset_auto2；在文件中查找=/usr/bin/python26[0]
11359:symbol=H5Eset_auto2；查找文件=/usr/lib64/libpython2.6.so.1.0[0]
11359:symbol=H5Eset_auto2；查找文件=/lib64/libpthread.so.0[0]
11359:symbol=H5Eset_auto2；查找文件=/lib64/libdl.so.2[0]
11359:symbol=H5Eset_auto2；查找文件=/lib64/libutil.so.1[0]
11359:symbol=H5Eset_auto2；查找文件=/lib64/libm.so.6[0]
11359:symbol=H5Eset_auto2；查找文件=/lib64/libc.so.6[0]
11359:symbol=H5Eset_auto2；查找文件=/lib64/ld-linux-x86-64.so.2[0]
11359:symbol=H5Eset_auto2；查找文件=/home/h3/ctarget/.local/lib/python2.6/site-packages/GDAL-1.11.1-py2.6-linux-x86_64.egg/osgeo//u GDAL.so[0]
11359:symbol=H5Eset_auto2；查找文件=/usr/lib64/libpython2.6.so.1.0[0]
11359:symbol=H5Eset_auto2；查找文件=/mnt/aeropix/prgs/.local/lib/libgdal.so.1[0]
11359:symbol=H5Eset_auto2；查找文件=/usr/lib64/libstdc++.so.6[0]
11359:symbol=H5Eset_auto2；查找文件=/lib64/libm.so.6[0]
11359:symbol=H5Eset_auto2；查找文件=/lib64/libgcc_.so.1[0]
11359:symbol=H5Eset_auto2；查找文件=/lib64/libpthread.so.0[0]
11359:symbol=H5Eset_auto2；查找文件=/lib64/libc.so.6[0]
11359:symbol=H5Eset_auto2；查找文件=/lib64/libdl.so.2[0]
11359:symbol=H5Eset_auto2；查找文件=/lib64/libutil.so.1[0]
11359:symbol=H5Eset_auto2；查找文件=/mnt/aeropix/prgs/.local/lib/libhdf5.so.7[0]

使用qsub提交的代码的符号调试输出：

16915:symbol=H5Eset\u auto2；在文件中查找=/usr/bin/python26[0]
16915:symbol=H5Eset_auto2；查找文件=/usr/lib64/libpython2.6.so.1.0[0]
16915:symbol=H5Eset_auto2；查找文件=/lib64/libpthread.so.0[0]
16915:symbol=H5Eset_auto2；查找文件=/lib64/libdl.so.2[0]
16915:symbol=H5Eset_auto2；查找文件=/lib64/libutil.so.1[0]
16915:symbol=H5Eset_auto2；查找文件=/lib64/libm.so.6[0]
16915:symbol=H5Eset_auto2；查找文件=/lib64/libc.so.6[0]
16915:symbol=H5Eset_auto2；查找文件=/lib64/ld-linux-x86-64.so.2[0]
16915:symbol=H5Eset_auto2；查找文件=/home/h3/ctarget/.local/lib/python2.6/site-packages/GDAL-1.11.1-py2.6-linux-x86_64.egg/osgeo//u GDAL.so[0]
16915:symbol=H5Eset_auto2；查找文件=/usr/lib64/libpython2.6.so.1.0[0]
16915:symbol=H5Eset_auto2；查找文件=/mnt/aeropix/prgs/.local/lib/libgdal.so.1[0]
16915:symbol=H5Eset_auto2；查找文件=/usr/lib64/libstdc++.so.6[0]
16915:symbol=H5Eset_auto2；查找文件=/lib64/libm.so.6[0]
16915:symbol=H5Eset_auto2；查找文件=/lib64/libgcc_.so.1[0]
16915:symbol=H5Eset_auto2；查找文件=/lib64/libpthread.so.0[0]
16915:symbol=H5Eset_auto2；查找文件=/lib64/libc.so.6[0]
16915:symbol=H5Eset_auto2；查找文件=/lib64/libdl.so.2[0]
16915:symbol=H5Eset_auto2；查找文件=/lib64/libutil.so.1[0]
16915:symbol=H5Eset_auto2；查找文件=/mnt/aeropix/prgs/.local/lib/libhdf5.so.7[0]
16915:symbol=H5Eset_auto2；在文件中查找=/usr/lib64/libjpeg.so.62[0]
16915:symbol=H5Eset_auto2；查找文件=/usr/lib64/libpng12.so.0[0]
16915:symbol=H5Eset_auto2；查找文件=/usr/lib64/libpq.so.4[0]
16915:symbol=H5Eset_auto2；查找文件=/usr/lib64/libcurl.so.3[0]
16915:symbol=H5Eset_auto2；查找文件=/usr/lib64/libgssapi_krb5.so.2[0]
16915:symbol=H5Eset_auto2；查找文件=/usr/lib64/libkrb5.so.3[0]
16915:symbol=H5Eset_auto2；查找文件=/usr/lib64/libk5crypto.so.3[0]
16915:symbol=H5Eset_auto2；查找文件=/lib64/libcom_err.so.2[0]
16915:symbol=H5Eset_auto2；在文件中查找=/usr/lib64/libidn.so.11[0]
16915:symbol=H5Eset_auto2；查找文件=/lib64/libssl.so.6[0]
16915:symbol=H5Eset_auto2；查找文件=/lib64/libcrypto.so.6[0]
16915:symbol=H5Eset_auto2；查找文件=/mnt/aeropix/prgs/.local/lib/libNCSEcw.so.0[0]
16915:symbol=H5Eset_auto2；查找文件=/mnt/aeropix/prgs/.local/lib/libNCSEcwC.so.0[0]
16915:symbol=H5Eset_auto2；查找文件=/mnt/aeropix/prgs/.local/lib/libNCSCnet.so.0[0]
16915:symbol=H5Eset_auto2；查找文件=/mnt/aeropix/prgs/.local/lib/libNCSUtil.so.0[0]
16915:symbol=H5Eset_auto2；查找文件=/lib64/librt.so.1[0]
16915:symbol=H5Eset_auto2；查找文件=/usr/lib64/libxml2.so.2[0]
16915:symbol=H5Eset_auto2；查找文件=/mnt/aeropix/prgs/.local/lib/libz.so.1[0]
16915:symbol=H5Eset_auto2；查找文件=/lib64/ld-linux-x86-64.so.2[0]
16915:symbol=H5Eset_auto2；查找文件=/lib64/libcrypt.so.1[0]
16915:symbol=H5Eset_auto2；查找文件=/lib64/libresolv.so.2[0]
16915:symbol=H5Eset_auto2；查找文件=/lib64/libnsl.so.1[0]
16915:symbol=H5Eset_auto2；查找文件=/usr/lib64/libkrb5support.so.0[0]
16915:symbol=H5Eset_auto2；查找文件=/lib64/libkeyutils.so.1[0]
16915:symbol=H5Eset_auto2；查找文件=/lib64/libselinux.so.1[0]
16915:symbol=H5Eset_auto2；查找文件=/lib64/libsepol.so.1[0]
16915:/mnt/aeropix/prgs/.local/lib/libgdal.so.1:错误：符号查找错误：未定义符号：H5Eset_auto2（致命）
导入错误：/mnt/aeropix/prgs/.local/lib/libgdal.so.1:未定义的符号：H5Eset\u auto2

我想我不知道为什么它似乎停止在libgdal.so.1中查找，当使用qsub提交时，当它在终端中运行时继续查找。我还注意到qsub作业能够正确定位libhdf5.so.7（它应该在这里找到H5Eset\u auto2），因为它可以找到不同的符号，H5Eprint：

16915:symbol=H5Eprint；查找文件=/usr/lib64/libpython2.6.so.1.0[0]
16915:symbol=H5Eprint；查找文件=/mnt/aeropix/prgs/.local/lib/libgdal.so.1[0]
16915:symbol=H5Eprint；查找文件=/usr/lib64/libstdc++.so.6[0]
16915:symbol=H5Eprint；查找文件=/lib64/libm.so.6[0]
16915:symbol=H5Eprint；查找文件=/lib64/libgcc_.so.1[0]
16915:symbol=H5Eprint；查找文件=/lib64/libpthread.so.0[0]
16915:symbol=H5Eprint；查找文件=/lib64/libc.so.6[0]
16915:symbol=H5Eprint；查找文件=/lib64/libdl.so.2[0]
16915:symbol=H5Eprint；查找文件=/lib64/libutil.so.1[0]
16915:symbol=H5Eprint；查找文件=/mnt/aeropix/prgs/.local/lib/libhdf5.so.7[0]

在这一阶段，任何关于这一点的建议都会非常有用（我希望这是足够的信息——我非常乐意提供更多信息，我只是不确定在这一阶段还有什么可能有用）

编辑：

对于使用qsub提交的作业，/usr/bin的内容似乎有所不同（特别是缺少libtool）。这件事正在调查中